匿名用户已经回答了一部分原因，就是清华和北大的先天条件由于国内其他高校。

那么我再补充一个，后天条件—它们在北京。

即假如民国不亡，或者天朝没有定都北京，那么北大、清华便不是今日的北大、清华，也许这个题目就要改成为南大、交大了。

民国时期的北大、清华没有如今日这般崇高的地位。

国立北洋大学、私立南开大学，教会办的燕京大学、齐鲁大学与北大、清华之间的差距绝不会如今日之大，更何况南方的一大批高校。

当时的五大国立大学，中央大学、武汉大学、浙江大学加上清华、北大，剩下的三所也不白给。

中国的文化特点导致从来不可能有单一的政治中心，一旦在某地聚集了行政资源，难道教育、医疗等资源也会向该地倾斜，形成所谓的政治、经济、文化中心。

你看看今日北京高校中，有好多49年后建立的，比如人大、八大院校，这些院校怎么建立的？分拆全国各地的院校，到京组建的。